Database of RNA Tree Graphs

 

List of RNA Tree Graphs by Number of Vertices:   

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12 VERTICES

Number of Possible RNA Topologies: 551
Number of Motifs Found: 5
Number of Missing Motifs: 546

 

To learn more about an RNA topology, please click on its tree graph.

These graphs have been ordered according to the second smallest eigenvalue of their Laplacian matrix (λ2 is given).

**Please Note: Red graphs symbolize topologies that have been discovered in naturally occurring structures, while blue and black graphs denote "missing motifs" that have not yet been discovered in nature.
Missing motifs are subdivided into two categories: topologies predicted by k-NN clustering to be RNA-like, or likely to be discovered in naturually occuring RNAs (blue graphs) and topologies predicted by k-NN clustering to be non-RNA-like, or not expected to be found in nature (black graphs).
 

ID: (12,1)
= 0.0681483522

 
 
 

ID: (12,2)
= 0.0702283531

 
 
 

ID: (12,3)
= 0.0725298226

 
 
 

ID: (12,4)
= 0.0732723996

 
 
 

ID: (12,5)
= 0.0751997977

 
 
 

ID: (12,6)
= 0.0759062394

 
 
 

ID: (12,7)
= 0.0767691508

 
 
 

ID: (12,8)
= 0.0780630335

 
 
 

ID: (12,9)
= 0.0790123120

 
 
 

ID: (12,10)
= 0.0797791332

 
 
 

ID: (12,11)
= 0.0797791332

 
 
 

ID: (12,12)
= 0.0797791332

 
 
 

ID: (12,13)
= 0.0804676190

 
 
 

ID: (12,14)
= 0.0810140520

 
 
 

ID: (12,15)
= 0.0821367130

 
 
 

ID: (12,16)
= 0.0822820812

 
 
 

ID: (12,17)
= 0.0823284388

 
 
 

ID: (12,18)
= 0.0824885368

 
 
 

ID: (12,19)
= 0.0830347687

 
 
 

ID: (12,20)
= 0.0839892924

 
 
 

ID: (12,21)
= 0.0840682536

 
 
 

ID: (12,22)
= 0.0841591135

 
 
 

ID: (12,23)
= 0.0842015594

 
 
 

ID: (12,24)
= 0.0850313008

 
 
 

ID: (12,25)
= 0.0858770981

 
 
 

ID: (12,26)
= 0.0861539394

 
 
 

ID: (12,27)
= 0.0862720609

 
 
 

ID: (12,28)
= 0.0870877802

 
 
 

ID: (12,29)
= 0.0872212574

 
 
 

ID: (12,30)
= 0.0877708197

 
 
 

ID: (12,31)
= 0.0877708197

 
 
 

ID: (12,32)
= 0.0880891308

 
 
 

ID: (12,33)
= 0.0886341333

 
 
 

ID: (12,34)
= 0.0886364281

 
 
 

ID: (12,35)
= 0.0891987607

 
 
 

ID: (12,36)
= 0.0891987607

 
 
 

ID: (12,37)
= 0.0891987607

 
 
 

ID: (12,38)
= 0.0902868137

 
 
 

ID: (12,39)
= 0.0904524028

 
 
 

ID: (12,40)
= 0.0905208588

 
 
 

ID: (12,41)
= 0.0908557475

 
 
 

ID: (12,42)
= 0.0914141908

 
 
 

ID: (12,43)
= 0.0914958417

 
 
 

ID: (12,44)
= 0.0915231779

 
 
 

ID: (12,45)
= 0.0916223302

 
 
 

ID: (12,46)
= 0.0926652029

 
 
 

ID: (12,47)
= 0.0927413329

 
 
 

ID: (12,48)
= 0.0929473117

 
 
 

ID: (12,49)
= 0.0930052772

 
 
 

ID: (12,50)
= 0.0930110514

 
 
 

ID: (12,51)
= 0.0932807997

 
 
 

ID: (12,52)
= 0.0934544802

 
 
 

ID: (12,53)
= 0.0939196795

 
 
 

ID: (12,54)
= 0.0940558389

 
 
 

ID: (12,55)
= 0.0947166309

 
 
 

ID: (12,56)
= 0.0950668976

 
 
 

ID: (12,57)
= 0.0950784385

 
 
 

ID: (12,58)
= 0.0951215401

 
 
 

ID: (12,59)
= 0.0951215401

 
 
 

ID: (12,60)
= 0.0963098779

 
 
 

ID: (12,61)
= 0.0965403467

 
 
 

ID: (12,62)
= 0.0966523886

 
 
 

ID: (12,63)
= 0.0967880711

 
 
 

ID: (12,64)
= 0.0967880711

 
 
 

ID: (12,65)
= 0.0967880711

 
 
 

ID: (12,66)
= 0.0967880711

 
 
 

ID: (12,67)
= 0.0967880711

 
 
 

ID: (12,68)
= 0.0968487114

 
 
 

ID: (12,69)
= 0.0968527794

 
 
 

ID: (12,70)
= 0.0974601284

 
 
 

ID: (12,71)
= 0.0976214483

 
 
 

ID: (12,72)
= 0.0980874375

 
 
 

ID: (12,73)
= 0.0983638167

 
 
 

ID: (12,74)
= 0.0985015035

 
 
 

ID: (12,75)
= 0.0986685231

 
 
 

ID: (12,76)
= 0.0990201682

 
 
 

ID: (12,77)
= 0.0991737321

 
 
 

ID: (12,78)
= 0.0992461070

 
 
 

ID: (12,79)
= 0.0994646102

 
 
 

ID: (12,80)
= 0.1001710370

 
 
 

ID: (12,81)
= 0.1004117131

 
 
 

ID: (12,82)
= 0.1006498709

 
 
 

ID: (12,83)
= 0.1007172614

 
 
 

ID: (12,84)
= 0.1009116620

 
 
 

ID: (12,85)
= 0.1010122374

 
 
 

ID: (12,86)
= 0.1010230780

 
 
 

ID: (12,87)
= 0.1013132632

 
 
 

ID: (12,88)
= 0.1015103385

 
 
 

ID: (12,89)
= 0.1018849686

 
 
 

ID: (12,90)
= 0.1019341871

 
 
 

ID: (12,91)
= 0.1020254120

 
 
 

ID: (12,92)
= 0.1021716669

 
 
 

ID: (12,93)
= 0.1022555977

 
 
 

ID: (12,94)
= 0.1023742035

 
 
 

ID: (12,95)
= 0.1023877785

 
 
 

ID: (12,96)
= 0.1025540084

 
 
 

ID: (12,97)
= 0.1026098430

 
 
 

ID: (12,98)
= 0.1033113077

 
 
 

ID: (12,99)
= 0.1036767811

 
 
 

ID: (12,100)
= 0.1040430591

 
 
 

ID: (12,101)
= 0.1044908687

 
 
 

ID: (12,102)
= 0.1048777625

 
 
 

ID: (12,103)
= 0.1048934832

 
 
 

ID: (12,104)
= 0.1050861329

 
 
 

ID: (12,105)
= 0.1050971076

 
 
 

ID: (12,106)
= 0.1052525863

 
 
 

ID: (12,107)
= 0.1055429131

 
 
 

ID: (12,108)
= 0.1057049111

 
 
 

ID: (12,109)
= 0.1057965308

 
 
 

ID: (12,110)
= 0.1057965308

 
 
 

ID: (12,111)
= 0.1059652269

 
 
 

ID: (12,112)
= 0.1063141599

 
 
 

ID: (12,113)
= 0.1063401774

 
 
 

ID: (12,114)
= 0.1064879000

 
 
 

ID: (12,115)
= 0.1069723666

 
 
 

ID: (12,116)
= 0.1071423218

 
 
 

ID: (12,117)
= 0.1071942374

 
 
 

ID: (12,118)
= 0.1072921678

 
 
 

ID: (12,119)
= 0.1077167615

 
 
 

ID: (12,120)
= 0.1079535186

 
 
 

ID: (12,121)
= 0.1079975665

 
 
 

ID: (12,122)
= 0.1080009490

 
 
 

ID: (12,123)
= 0.1080455631

 
 
 

ID: (12,124)
= 0.1083670929

 
 
 

ID: (12,125)
= 0.1085358188

 
 
 

ID: (12,126)
= 0.1088932380

 
 
 

ID: (12,127)
= 0.1089295223

 
 
 

ID: (12,128)
= 0.1089295223

 
 
 

ID: (12,129)
= 0.1091886014

 
 
 

ID: (12,130)
= 0.1094847992

 
 
 

ID: (12,131)
= 0.1096314713

 
 
 

ID: (12,132)
= 0.1096985266

 
 
 

ID: (12,133)
= 0.1098606065

 
 
 

ID: (12,134)
= 0.1098655835

 
 
 

ID: (12,135)
= 0.1099648699

 
 
 

ID: (12,136)
= 0.1105168015

 
 
 

ID: (12,137)
= 0.1107228324

 
 
 

ID: (12,138)
= 0.1110400707

 
 
 

ID: (12,139)
= 0.1110400707

 
 
 

ID: (12,140)
= 0.1113490611

 
 
 

ID: (12,141)
= 0.1115586907

 
 
 

ID: (12,142)
= 0.1116364002

 
 
 

ID: (12,143)
= 0.1118761525

 
 
 

ID: (12,144)
= 0.1119151786

 
 
 

ID: (12,145)
= 0.1120783389

 
 
 

ID: (12,146)
= 0.1128642336

 
 
 

ID: (12,147)
= 0.1128642336

 
 
 

ID: (12,148)
= 0.1128642336

 
 
 

ID: (12,149)
= 0.1132059991

 
 
 

ID: (12,150)
= 0.1133695692

 
 
 

ID: (12,151)
= 0.1133903489

 
 
 

ID: (12,152)
= 0.1139488816

 
 
 

ID: (12,153)
= 0.1140079871

 
 
 

ID: (12,154)
= 0.1140739471

 
 
 

ID: (12,155)
= 0.1141974777

 
 
 

ID: (12,156)
= 0.1142040417

 
 
 

ID: (12,157)
= 0.1144526675

 
 
 

ID: (12,158)
= 0.1146788076

 
 
 

ID: (12,159)
= 0.1147022024

 
 
 

ID: (12,160)
= 0.1147575676

 
 
 

ID: (12,161)
= 0.1149187833

 
 
 

ID: (12,162)
= 0.1149352416

 
 
 

ID: (12,163)
= 0.1149550080

 
 
 

ID: (12,164)
= 0.1150566116

 
 
 

ID: (12,165)
= 0.1155202314

 
 
 

ID: (12,166)
= 0.1159653813

 
 
 

ID: (12,167)
= 0.1161250696

 
 
 

ID: (12,168)
= 0.1163469702

 
 
 

ID: (12,169)
= 0.1164621264

 
 
 

ID: (12,170)
= 0.1166640222

 
 
 

ID: (12,171)
= 0.1166794300

 
 
 

ID: (12,172)
= 0.1168912873

 
 
 

ID: (12,173)
= 0.1172064096

 
 
 

ID: (12,174)
= 0.1172123402

 
 
 

ID: (12,175)
= 0.1172144935

 
 
 

ID: (12,176)
= 0.1172873974

 
 
 

ID: (12,177)
= 0.1178541183

 
 
 

ID: (12,178)
= 0.1179051995

 
 
 

ID: (12,179)
= 0.1179794595

 
 
 

ID: (12,180)
= 0.1179794595

 
 
 

ID: (12,181)
= 0.1180757508

 
 
 

ID: (12,182)
= 0.1182501912

 
 
 

ID: (12,183)
= 0.1183523014

 
 
 

ID: (12,184)
= 0.1190925837

 
 
 

ID: (12,185)
= 0.1191770732

 
 
 

ID: (12,186)
= 0.1192132011

 
 
 

ID: (12,187)
= 0.1197881997

 
 
 

ID: (12,188)
= 0.1200391725

 
 
 

ID: (12,189)
= 0.1200599596

 
 
 

ID: (12,190)
= 0.1202161089

 
 
 

ID: (12,191)
= 0.1202430204

 
 
 

ID: (12,192)
= 0.1203207076

 
 
 

ID: (12,193)
= 0.1206147596

 
 
 

ID: (12,194)
= 0.1206147596

 
 
 

ID: (12,195)
= 0.1206147596

 
 
 

ID: (12,196)
= 0.1206147596

 
 
 

ID: (12,197)
= 0.1208160520

 
 
 

ID: (12,198)
= 0.1209527627

 
 
 

ID: (12,199)
= 0.1211312711

 
 
 

ID: (12,200)
= 0.1211426482

 
 
 

ID: (12,201)
= 0.1215824932

 
 
 

ID: (12,202)
= 0.1217315868

 
 
 

ID: (12,203)
= 0.1222427785

 
 
 

ID: (12,204)
= 0.1222540364

 
 
 

ID: (12,205)
= 0.1224526614

 
 
 

ID: (12,206)
= 0.1225962490

 
 
 

ID: (12,207)
= 0.1225962490

 
 
 

ID: (12,208)
= 0.1225962490

 
 
 

ID: (12,209)
= 0.1225962490

 
 
 

ID: (12,210)
= 0.1226977333

 
 
 

ID: (12,211)
= 0.1235395297

 
 
 

ID: (12,212)
= 0.1235469803

 
 
 

ID: (12,213)
= 0.1235469803

 
 
 

ID: (12,214)
= 0.1235850826

 
 
 

ID: (12,215)
= 0.1239643395

 
 
 

ID: (12,216)
= 0.1245849207

 
 
 

ID: (12,217)
= 0.1249503866

 
 
 

ID: (12,218)
= 0.1249893531

 
 
 

ID: (12,219)
= 0.1250399053

 
 
 

ID: (12,220)
= 0.1251347363

 
 
 

ID: (12,221)
= 0.1252045333

 
 
 

ID: (12,222)
= 0.1252365857

 
 
 

ID: (12,223)
= 0.1252412200

 
 
 

ID: (12,224)
= 0.1252593845

 
 
 

ID: (12,225)
= 0.1253625602

 
 
 

ID: (12,226)
= 0.1254087538

 
 
 

ID: (12,227)
= 0.1260720044

 
 
 

ID: (12,228)
= 0.1261462271

 
 
 

ID: (12,229)
= 0.1265172064

 
 
 

ID: (12,230)
= 0.1267888546

 
 
 

ID: (12,231)
= 0.1275103539

 
 
 

ID: (12,232)
= 0.1275577247

 
 
 

ID: (12,233)
= 0.1277237833

 
 
 

ID: (12,234)
= 0.1278290749

 
 
 

ID: (12,235)
= 0.1280326396

 
 
 

ID: (12,236)
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